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Museo en Ciencias de la Salud, dependiente de la Facultad de Ciencias Médicas, nace de la integración de dos museos universitarios, el Museo Histórico Hospital Nacional de Clínicas y el Museo de Historia de la Medicina. Se inaugura el 24 de Mayo de 2011, en conmemoración del  98° Aniversario del la fundación del Hospital Nacional de Clínicas.

En su propuesta museográfica se abordan temas sobre la creación e historia de la Facultad de Ciencias Médicas y el Hospital-escuela universitario, la trayectoria de médicos destacados de la institución, así como el desarrollo de las especialidades médicas, entre otros.